开宗明义
MALDI,即基质辅助激光解析电离(Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization),是指离子源,也就是激发部分。这就好像是枪支的子弹,有圆形单头和尖形单头,有的善于穿甲、有的善于爆破。MALDI离子源属于软电离,相比之下还有其他离子源,其电离方式也不尽相同。比如最常见的ESI源(电喷雾离子源,一般前端接液相色谱仪HPLC)、APCI源(大气压离子源)等。
TOF一词指的是飞行时间质谱分析器,如果还用枪支做比较的话,就好比是枪管,有“来复”和“滑膛”之分——不同的“枪管”(即质谱检测器)其原理及所擅长的领域也有所不同。飞行时间(TOF)和离子阱(Trap)检测器善于定性,四级杆(Q)检测器善于定量,那么有没有可能兼顾定性和定量呢?有的,就是把这些方法结合起来——于是乎,诸如Q-TOF、Q-Trap等串联质谱就应运而生了。
天作之合
TOF作为一种质谱分析器,可以和不同的离子源相结合,比如ESI源,这种组合就是ESI-Q-TOF(这里的“Q”是四级杆分析器,做质量数筛选的)。然而,ESI是一种连续性的离子源,就好比溪水,源源不断。而TOF呢,却偏偏是一种非连续性的质谱检测器,如喷泉一般汩汩而出。其原理就好比赛跑:必须等所有的选手站在同一个起跑线上,然后一声“枪”响(释放离子门的电压),各个选手在真空无场的情况下,在同一初始动能下开始运动。
就和真正的比赛一样,带电的粒子必然有的早到、有的晚到,甚至有的不到(半路湮灭了),所有的这一切都在电光火石之间发生了,却依赖于电子部件得以记录,并把飞行时间反推为粒子的质量数(或许可以简单理解为待测物质的原子量),如此一张工业感十足的质量数指纹图谱就出现了。如果这张图谱是用标准已知细菌做出的,我们就可以简单地将其理解为标准指纹图谱。
无独有偶,偏偏MALDI源的电离方式要依赖于激光对待测物的轰击,这种轰击的频率从每秒50次到2000次不等,记为50~2000Hz。不难看出,MALDI源也是非连续性的,MALDI和TOF的结合是技术发展的必然。是TOF拯救了MALDI,或者说,此两者是相互成就着彼此。
阿喀琉斯之踵
一般来说,灵敏度和分辨率往往是鱼和熊掌不可兼得的,甚至可以把自称“兼得”者称为现行伪科学或者潜伏期很长的伪科学。MALDI离子源固有其优势所在,然而由于没有经过预先分离(如HPLC。一般来说,质谱前端会连接分离设备,比如气相色谱、液相色谱,其目的在于对混合物样品进行初步分纯。),因此难免鱼龙混杂,泥沙俱下,为后端的TOF鉴别造成了极大的难度。
再看TOF,其分辨率主要依赖于粒子的飞行距离,同样以赛跑做比喻:如果两位选手难分伯仲,不妨延长跑步长度,50m不行就100m,100m不行就500m。然而,赛道是不可能无限延长的,怎么办呢?就像游泳比赛,同样可以通过数次折返达到延长比赛距离的目的。对于质谱而言,鉴于生产加工的难度和安装调试的条件要求,直接延长飞行管长度未免胶柱鼓瑟。于是乎,聪明的科学家利用波粒二象性发明了反射“V”字飞行,如果“V”字还不行,就“W”字飞行。这样一来,也许分辨率问题解决了,但是经过反射,粒子的灵敏度丧失了。
一言以蔽之,如果说某种技术既缺乏灵敏度,又缺乏分辨率,那么MALDI-TOF就当之无愧,这就是其被称为高分辨质谱中的低分辨的原因。
在细菌鉴定的功能出现之前,特别是ESI离子源大行其道的当今,MALDI-TOF是一个极为小众的存在:求生不行(用不起来),求死不得(在某些领域,比如聚合物等分析方面尚有需求)。甚至在迭代频繁的分析仪器届,某些重要的MALDI-TOF厂家已经有十余年没有更新型号了。
孔北海知世间有刘备耶?
如果把MALDI-TOF比作刘备,则细菌鉴定的需求就好比是被黄巾围困在北海的孔融。需求成就了市场,技术造就了英雄。
想象自己是一位细菌检验员吧,如果能够把分纯的菌落直接涂抹就能鉴定该多好啊!对于仪器厂商而言,使用者有需求,微生物质谱就这样出现了。
细菌有稳定表达的核糖体蛋白,并且非常便于在大气压下前处理(涂靶板、加基质液),再者,由于细菌的特征性质谱峰和质量图来自于细菌全细胞蛋白(核糖体蛋白、 细胞膜蛋白)按照质荷比(M/Z)的分离排列,因此用已知细菌指纹图的方式对未知细菌进行鉴定就变得前途amazing。
0“路线确定之后,干部就成了决定性因素了”,于是,开始建库吧!韩信点兵,多多益善。
比大还“大”
借助苹果slogan的中文神翻译,我们或者可以理解这样一点:对于菌库而言,大就一定好吗?这涉及到一个关于建库的方法学问题,用一株菌来代表其所在的种,以其质谱图作为该细菌的标准谱图,这样做无疑是立竿见影的“高效”方法,此谓之“演绎法”。虽然该路线简洁、可塑,却不免歧路亡羊——毕竟对于使用者而言,我们不希望见到一个样品给出多个建议的结果,而是给一个非此即彼的答案。
所谓“萝卜快了不洗泥”,另一种路线则强调样本的多样性,多收集不同地区、不同培养环境的“萝卜”,建库速度固然差强人意,但准确性则大大增高,这种方法就是“归纳法”——梅里埃数据库就是这样的建立的。
不难看出,所谓比大还“大”,往往就是庄子所说的“大而无当”啊。
怎样才能做到精准建库呢?我们不妨用人来做比方,譬如一个屋子里做了3000个人,来自不同的地区、不同的民族、不同的人种,杂然其间。我们知道,世界上很多地方是民族杂处,难辨华夷的。好吧,我们把他们按照器官、部位,逐个比较,比如高鼻子,如果某个种族都是高鼻子,而其他种族都不高,则认为“高鼻子”是该种族的重要特征,给与高赋值;然而,如果一个种族内,有的鼻子高,有的鼻子低,怎么办呢?没关系,同样可以认为这是一个次重要特征,只不过赋值较低罢了。以此类推——对质谱而言——所谓“高鼻子”是指特征谱峰罢了。
两条腿走路的不一定就是人,柏拉图曾被自己的学生挑战过这个问题。对于质谱鉴定而言,关键特征固然重要,然则仅仅青眼于细节未免会有盲人摸象之嫌。有鉴于此,梅里埃的谱库比对规则里面又增加了相似度一项。这样一来,虽不能说尽善尽美,也可称“登峰造极”了。
上述方法可以统称做“权重矩阵分析”,一个绕口而全面的谱图比对方法。
见“微”知著
作为微生物检验工作者,见“微”是题中应有之义,然而其根本目的则在于“知著”。换言之,MALDI-TOF可以在几十秒内(指检测的时间)鉴别出是何种细菌,接下来便怎么样呢?仅止于此吗?
孔子最喜欢的弟子就是颜回,称他是“举一反十”,而别的弟子仅能做到“举一反三”。同样的,我们在满足于MALDI-TOF快速鉴定的同时,是否要想一下不同样本的前处理自动化的问题?不同菌株耐药性的问题?甚至是整个流程的优化的问题?
比如说吧,一份样本是何时接收的?何时开始培养的?何时报阳、转种的?何时出的鉴定结果?何时出的药敏结果?是否需要其他方法协助?上述流程中的每份数据需要单独读取,还是有一个“大管家”汇总报告?
对于梅里埃的Vitek MS而言,确实有一个“大管家”,只不过不是一个真正的人,而是一个服务器,叫做“Myla”。
万物皆数
毕达哥拉斯学派最为推崇的一句话就是“万物皆数”,奥地利人L.V.贝塔琅菲则把这个原理用到极致:如果一切都能用数字来管理并观察其趋势,这不就人间的上帝吗?于是乎,系统论诞生了。
“Myla”是系统论的践行者,她会忠实地告诉你是哪个环节出了问题,哪个环节需要改进以提高效率。有了她,你不要在电脑上装任何客户端,而是通过浏览器来观察该系统内设备(如细菌培养系统BacAlert 3D、鉴定药敏系统Vitek 2、质谱Vitek MS等)的运转状况。无轮你是否在现场,只要有网络、有授权,一切都了然于胸。
结语
好啦,如果说细菌鉴定挽救和成就了MALDI-TOF,则“Myla”却让整个系统焕发青春,生机盎然。正所谓“食髓知味”,如果有机会,就和梅里埃一起尝试一下吧!
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